Od chwili podjęcia przez NSA w dniu 24 czerwca 2014 r. uchwały, w której arbitralnie stwierdzono, że jednostki budżetowe nie są (jakoby) podatnikami tego podatku, trwa i pogłębia się chaos w tym zakresie. Należy przypomnieć, że w ustnym uzasadnieniu do tej uchwały stwierdzono, że wszystkie jednostki budżetowe nie są podatnikami, bo (jakoby) nie prowadzą „samodzielne” działalności gospodarczej, o czym świadczy – zdaniem sądu – fakt, że nie dysponują swoim dochodem. W uzasadnieniu jednak stwierdzono, że tylko gminne jednostki budżetowe nie są podatnikami, choć państwowe już są, mimo że również „nie dysponują swoim dochodem”, bo w sensie prawnofinansowym niczym się nie różnią.
Minister Finansów po wyroku TSUE rozstrzygającym, że to gminy a nie ich jednostki budżetowe są podatnikami VAT, deklaruje, że dostosowanie rozliczeń VAT gmin do tezy wyroku nastąpi „w przód". Samorządy mogą jednak, zgodnie z wyrokiem TSUE, podjąć decyzję o dokonaniu korekt rozliczeń (uwzględniając model „scentralizowany" - czyli, że to gmina rozlicza VAT jako podatnik) nieobjętych przedawnieniem. Ministerstwo wyjaśnia jednocześnie, że aby zachować zasadę neutralności VAT – korekty muszą zostać sporządzone w odniesieniu do całego poprzedniego 5 letniego okresu nieobjętego przedawnieniem. Nie będzie możliwe sporządzanie korekt wybiórczych, tj. tylko za wybrane przez samorządy okresy rozliczeniowe.