Prawo do ulgi w podatku przysługuje, jeśli pieniądze ze sprzedaży nieruchomości zostaną przeznaczone na spełnienie „własnych potrzeb mieszkaniowych” podatnika. Oznacza to sytuację, kiedy podatnik kupuje, buduje czy remontuje nieruchomość, której jest właścicielem. Nie skorzysta z ulgi, jeśli pieniądze są przeznaczone na zakup, remont czy budowę nieruchomości, która należy do kogoś innego – nawet bliskiego, mimo że podatnik w takiej nieruchomości będzie mieszkał.
Wśród największych problemów związanych z podatkiem od nieruchomości podatnicy wymieniają: niejasne przepisy, brak jednolitego wzoru deklaracji podatku od nieruchomości DN-1, podwójną rolę gmin, różne interpretacje przepisów w różnych gminach, opodatkowanie niezależnie od użytkowania. Na szczególne problemy napotykają podatnicy, którzy mają infrastrukturę w kilku gminach, np. firmy telekomunikacyjne, przesyłowe czy paliwowe, sieci sklepów.
Ustawa o podatku od osób fizycznych zwalnia z podatku od dochodu ze sprzedaży nieruchomości, jeśli od zakupu upłynęło więcej niż 5 lat. O to, jak należy liczyć ten okres, często pytają podatnicy. W przypadku gdy budynek jest częścią składową gruntu i nie może być odrębnym przedmiotem własności, to data jego powstania czy dokładnie oddania do użytku nie może wpływać na kwestie podatkowe. Znaczenie ma to, kiedy podatnik nabył sam grunt (nieważne, czy z budynkami, czy bez).
Ustawa o podatku od towarów i usług wskazuje, że podatnicy, którzy rozpoczną ewidencjonowanie obrotu i kwot podatku należnego w obowiązujących terminach, mogą odliczyć od tego podatku kwotę wydatkowaną na zakup każdej z kas rejestrujących zgłoszonych, właściwemu naczelnikowi urzędu skarbowego, przed dniem rozpoczęcia (powstania obowiązku) ewidencjonowania. Jakie warunki należy spełnić, żeby otrzymać zwrot wydatków poniesionych na zakup kasy fiskalnej?
Rząd, w walce z przestępcami wyłudzającymi podatek, proponuje żeby prokuratura, policja, ABW lub CBA mogły zablokować zwrot VAT przedsiębiorcy nawet na trzy miesiące. Istnieje ryzyko, że takie rozwiązanie będzie nadużywane i ucierpi na nim wiele uczciwych firm - uważa Rada Podatkowa Konfederacji Lewiatan.