Spór kompetencyjny powstaje pomiędzy organami jednostek samorządu terytorialnego a organami administracji rządowej. Wśród sporów kompetencyjnych wyróżnić należy spór pozytywny i negatywny. Spory rozstrzygane są przez sąd administracyjny, a z wnioskiem wystąpić może strona, organ pozostający w sporze, jak również Rzecznik Praw Obywatelskich.