Relacje między podmiotami powiązanymi mają istotne znaczenie, jeśli chodzi o pobór tzw. podatku dochodowego u źródła (WHT) od płatności dokonywanych z tytułu niektórych usług (np. IT, doradczych, księgowych) oraz dywidend wypłacanych m.in. na rzecz powiązanych podmiotów z siedzibą na terytorium kraju, UE lub Europejskiego Obszaru Gospodarczego. W zakresie wymienionych wypłat wciąż jeszcze obowiązują dotychczasowe zasady poboru daniny, zgodnie z którymi płatności kierowane do podmiotów powiązanych korzystają ze zwolnienia.
Nie można zgodzić się z argumentacją organu, że skoro decyzja APA obejmuje analizę warunków ustalonych pomiędzy określonymi podmiotami powiązanymi, to nie można uznać, że równocześnie usługi nabyte od innych podmiotów powiązanych, a ujęte w algorytmie kalkulacji ceny transakcyjnej, stanowią potwierdzony element uprzedniego porozumienia cenowego. Literalne brzmienie art. 15e ust. 15 ustawy o CIT nie wskazuje na to, że ustawodawca wprowadził jakiekolwiek kryterium podmiotowe w zakresie adresata tej decyzji. Trudno jednoznacznie stwierdzić, że konieczne jest wydanie odrębnych decyzji w sprawie porozumienia wobec spółki lub też innych usługobiorców usług powiązanych wynikających z decyzji w sprawie APA. O braku takiego kryterium podmiotowego, może chociażby świadczyć to, że ta decyzja w sprawie porozumienia określa ramy funkcjonalne wszystkich podmiotów powiązanych.
Rozwój gospodarczy, procesy globalizacji i wzmacnianie pozycji największych grup kapitałowych na świecie przyczynia się do istotnego wzrostu udziału transakcji, które są dokonywane przez te grupy, w całkowitym handlu. Szczególnej uwadze administracji podatkowych podlegają obecnie warunki, na jakich podmioty funkcjonujące w dużych grupach kapitałowych realizują wzajemne transakcje, tj. transakcje wewnątrzgrupowe. Ceny towarów, usług, wartości niematerialnych lub prawnych w transakcjach wewnętrznych grup kapitałowych jako transakcje między podmiotami powiązanymi coraz częściej stają się punktem sporu między podatnikami a administracjami podatkowymi.
Niektóre wydatki na zakup usług niematerialnych od podmiotów powiązanych podlegają limitowaniu w kosztach uzyskania przychodu na gruncie podatku CIT. Do takich wydatków zalicza się usługi doradcze, reklamowe, zarządzania i kontroli, przetwarzania danych, ubezpieczeń, gwarancji i poręczeń, badania rynku oraz świadczenia o podobnym charakterze.