Wśród największych problemów związanych z podatkiem od nieruchomości podatnicy wymieniają: niejasne przepisy, brak jednolitego wzoru deklaracji podatku od nieruchomości DN-1, podwójną rolę gmin, różne interpretacje przepisów w różnych gminach, opodatkowanie niezależnie od użytkowania. Na szczególne problemy napotykają podatnicy, którzy mają infrastrukturę w kilku gminach, np. firmy telekomunikacyjne, przesyłowe czy paliwowe, sieci sklepów.
Od 1 stycznia 2017 r. spadają (drugi rok z rzędu) o wskaźnik deflacji (o 0,9%) maksymalne stawki podatków i opłat lokalnych. Zatem w 2017 r. powinniśmy mieć niższe stawki podatku od nieruchomości, podatku od środków transportowych i opłat lokalnych (targowej, miejscowej, uzdrowiskowej, od posiadania psów) - o ile gminy podejmą stosowne uchwały do końca 2016 roku.
Zasady zaokrąglania kwot podatków, o których mowa w art. 63 § 1 Ordynacji podatkowej, stosują się również do sytuacji unormowanych w art. 6 ust. 8a ustawy o podatkach i opłatach lokalnych (u.p.o.l.). Oznacza to, że w sytuacji, gdy wysokość zobowiązania na dany rok podatkowy wynosiłby np. 6,47 zł, to końcówkę kwoty (47 gr) należy pominąć. Tak ustalona wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości będzie wynosić 6 zł, wobec czego decyzja wymiarowa nie zostanie wydana. Bowiem nie wszczyna się postępowania, a postępowanie wszczęte umarza, jeżeli wysokość zobowiązania podatkowego na 2016 rok nie przekracza 6,10 zł.