Rok 2019 był kolejnym, w którym Krajowa Administracja Skarbowa rzadziej kontrolowała podatników. Liczba kontroli celno-skarbowych spadła o 14,5%, a kontroli podatkowych o 11,6% w porównaniu do 2018 roku. Typowanie do kontroli opiera się na analizie ryzyka, do której wykorzystywane są zaawansowane narzędzia analityczne (BIG DATA). Kontrole podatkowe często zastępowane są czynnościami sprawdzającymi.
Narzędzia jakimi dysponują organy podatkowe powodują, że kontrole są coraz skuteczniejsze i mają coraz większy wymiar finansowy. Na przestrzeni ostatnich lat jest mniej kontroli przedsiębiorców, ale w ich wyniku znacznie zwiększyła się kwota stwierdzonych uszczupleń podatkowych. W praktyce oznacza to, że kontroli jest mniej, ale celniej trafiają w podmioty, które naruszają przepisy podatkowe. To z kolei przekłada się zwiększenie ustaleń podatkowych oraz lepszą efektywność kontroli (stosunek zaangażowanych środków na przeprowadzenie kontroli do kwoty stwierdzonych uszczupleń podatkowych).
Organy podatkowe, w ramach postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, chcąc sprawdzić autentyczność transakcji podatnika przeprowadzają tzw. kontrolę krzyżową (czynności sprawdzające). Kontrola tego rodzaju do niedawna mogła być przeprowadzona jedynie u bezpośredniego kontrahenta podatnika, tj. u sprzedawcy, od którego podatnik kupił towar lub usługę albo u nabywcy, któremu podatnik sprzedał towar lub usługę.