Wśród największych problemów związanych z podatkiem od nieruchomości podatnicy wymieniają: niejasne przepisy, brak jednolitego wzoru deklaracji podatku od nieruchomości DN-1, podwójną rolę gmin, różne interpretacje przepisów w różnych gminach, opodatkowanie niezależnie od użytkowania. Na szczególne problemy napotykają podatnicy, którzy mają infrastrukturę w kilku gminach, np. firmy telekomunikacyjne, przesyłowe czy paliwowe, sieci sklepów.
Ustawa o podatku od osób fizycznych zwalnia z podatku od dochodu ze sprzedaży nieruchomości, jeśli od zakupu upłynęło więcej niż 5 lat. O to, jak należy liczyć ten okres, często pytają podatnicy. W przypadku gdy budynek jest częścią składową gruntu i nie może być odrębnym przedmiotem własności, to data jego powstania czy dokładnie oddania do użytku nie może wpływać na kwestie podatkowe. Znaczenie ma to, kiedy podatnik nabył sam grunt (nieważne, czy z budynkami, czy bez).
Rząd, w walce z przestępcami wyłudzającymi podatek, proponuje żeby prokuratura, policja, ABW lub CBA mogły zablokować zwrot VAT przedsiębiorcy nawet na trzy miesiące. Istnieje ryzyko, że takie rozwiązanie będzie nadużywane i ucierpi na nim wiele uczciwych firm - uważa Rada Podatkowa Konfederacji Lewiatan.
Jak wynika z przepisów Ordynacji podatkowej, płatnik lub inkasent, który terminowo wpłaca podatki (w tym zaliczki podatkowe), ma prawo do zryczałtowanego wynagrodzenia z tego tytułu. Wysokość tego wynagrodzenia została ustalona na 0,3% kwoty podatków pobranych przez płatników (0,1% w przypadku inkasentów) na rzecz budżetu państwa. Wielu płatników z tego rozwiązania jednak nie korzysta.