Obowiązek skorygowania odpisów amortyzacyjnych od wydatków, które zostały sfinansowane dotacją, dotyczy tych sytuacji, gdy te środki pomocowe zostały już faktycznie otrzymane. A zatem, dopiero po otrzymaniu dotacji należy określić, jaka wartość odpisów dotychczas zaliczonych do kosztów powinna być z kosztów wyłączona, zaś następnie o tę kwotę należałoby zmniejszyć koszty bieżące, a nie dokonywać wstecznej korekty kosztów z tytułu odpisów amortyzacyjnych.
Właściwa ocena czy podatek VAT jest kosztem kwalifikowanym (czyli takim, który może być zrefundowany w ramach dofinansowania) może być trudna, a po jej dokonaniu może okazać się, że z przyczyn niezależnych od beneficjenta jego kwalifikacja ulega zmianie. Problem ten dotyczy przede wszystkim jednostek samorządu terytorialnego, ale także innych podmiotów takich jak jednostki naukowe, organizacje pożytku publicznego czy przedsiębiorców, którzy korzystali z funduszy unijnych i krajowych, a którzy zmienili lub chcą zmienić rodzaj prowadzonej działalności na opodatkowaną VAT, tj. decydują się na komercyjne wykorzystanie powstałej z dotacji infrastruktury.
Na drodze od pomysłu, do gotowego produktu lub usługi, etap wdrożenia jest jednym z najbardziej newralgicznych i istotnych. Pokazuje bowiem w jakim stopniu nasze założenia, obliczenia i plany przystają do realiów rynku. Nie powinno zatem dziwić, że dofinansowanie przeznaczone na realizację projektów dotyczących wdrożenia wyników prac badawczo-rozwojowych (B+R), można pozyskać nie z jednego, a z kilku źródeł.
Przed przystąpieniem do opracowania projektu uchwały należy szczegółowo przeanalizować obecny kształt przepisów ustawy o systemie oświaty, szczególnie odnoszących się do zagadnień związanych z ustaleniem wysokości dotacji i regułami jej przekazywania oraz rozliczania. Projekt powinien uwzględniać, z punktu widzenia zakresu regulacji, istniejące i podlegające dotowaniu na terenie danej j.s.t., formy prowadzenia działalności oświatowej a także realną możliwość pojawienia się innych, dotychczas niewystępujących.