Właściwa ocena czy podatek VAT jest kosztem kwalifikowanym (czyli takim, który może być zrefundowany w ramach dofinansowania) może być trudna, a po jej dokonaniu może okazać się, że z przyczyn niezależnych od beneficjenta jego kwalifikacja ulega zmianie. Problem ten dotyczy przede wszystkim jednostek samorządu terytorialnego, ale także innych podmiotów takich jak jednostki naukowe, organizacje pożytku publicznego czy przedsiębiorców, którzy korzystali z funduszy unijnych i krajowych, a którzy zmienili lub chcą zmienić rodzaj prowadzonej działalności na opodatkowaną VAT, tj. decydują się na komercyjne wykorzystanie powstałej z dotacji infrastruktury.
W związku z finansowaniem wczasów ze środków ZFŚS może dojść do dwóch sytuacji, rodzących różne skutki w VAT. Jeżeli pracodawca finansuje pracownikom usługi nabyte od innych podmiotów, wówczas nie działa jako podatnik VAT, a zatem czynność ta pozostaje poza zakresem opodatkowania VAT. Natomiast gdy pracodawca funduje pracownikom wczasy w ośrodku wypoczynkowym należącym do niego, tj. usługę wykonywaną przez pracodawcę w ramach działalności gospodarczej, wtedy działa jako podatnik i wykonuje czynności opodatkowane VAT.
Na mapie środków Wspólnotowych, dostępnych w perspektywie finansowej 2014-2020, praktycznie każdy może znaleźć coś dla siebie. Począwszy od krajowych i regionalnych programów operacyjnych, w których zakres i wymagania formułowane są dość ogólnie, a konkurencja jest przez to większa, aż po programy dedykowane dla konkretnych sektorów gospodarki, gdzie zakres tematyczny jest zdecydowanie zawężony. Mają one jednak tę istotną przewagę, że przy stosunkowo wysokich budżetach, sięgających 100, a nawet 200 mln zł, konkurencja jest zdecydowanie mniejsza. Warto zatem docenić programy sektorowe i przyjrzeć się im bliżej, gdyż premiowanych branż, a wraz z tym możliwości pozyskania dofinansowania, jest wiele.