Należy rozważyć, czy wartość dofinansowania (dotacji) odnosi się do pojęcia wydatków kwalifikowalnych projektu, które można utożsamiać z wynagrodzeniem z tytułu świadczenia usługi szkoleniowej, czy też dotacja ma związek ze sprzedażą konkretnej usługi, stanowi zatem dopłatę do ceny, nie do projektu. Jeżeli otrzymana dotacja odnosi się bezpośrednio do projektu i przeznaczona jest na pokrycie kosztów kwalifikowalnych tego projektu, a nie na pokrycie ceny konkretnej usługi czy towaru, nie wchodzi do podstawy opodatkowania VAT.
Wśród dostępnych możliwości dofinasowania działalności B+R, dużym zainteresowaniem cieszą się programy sektorowe, dedykowane dla konkretnych sektorów gospodarki. Zakres tematyczny tych programów jest zawężony, ale mają one tę istotną przewagę, że przy stosunkowo wysokich budżetach, sięgających od 100 do 200 mln zł, konkurencja jest zdecydowanie mniejsza. Dziś pierwsze edycje programów mamy już za sobą, wkrótce rozpoczną się kolejne nabory. W sierpniu Narodowe Centrum Badań i Rozwoju ogłosiło aż trzy programy sektorowe, którym warto się przyjrzeć bliżej.
Ministerstwo Rozwoju informuje, że we wrześniu 2017 roku przedsiębiorcy mogą wziąć udział w 123 konkursach. Szansę na zdobycie unijnych pieniędzy na rozwój swojego biznesu mają zarówno mikro, małe, średnie, jak i duże przedsiębiorstwa. Oferta dotyczy obszaru badawczo-rozwojowego, efektywności energetycznej, wzornictwa firmowego, jak i szkoleń, czy innowacji społecznych.
Jako kraj członkowski Unii Europejskiej, Polska otrzymuje duże środki na rozwój gospodarczy. Udzielane wsparcie finansowe przeznaczane jest m. in. na wzrost konkurencyjności polskiej gospodarki, poprawę zatrudnienia i życia obywateli, rozwój nowych technologii. Wsparcie finansowe udzielane jest za pośrednictwem różnego rodzaju programów i funduszy. Jak pokazują statystyki, polscy przedsiębiorcy chętnie korzystają z tego rodzaju wsparcia finansowego, celem rozwoju swojej firmy i podniesienia jej konkurencyjności. Jednakże środki z funduszy to nie tylko korzyści, ale też pewne zagrożenia.
Właściwa ocena czy podatek VAT jest kosztem kwalifikowanym (czyli takim, który może być zrefundowany w ramach dofinansowania) może być trudna, a po jej dokonaniu może okazać się, że z przyczyn niezależnych od beneficjenta jego kwalifikacja ulega zmianie. Problem ten dotyczy przede wszystkim jednostek samorządu terytorialnego, ale także innych podmiotów takich jak jednostki naukowe, organizacje pożytku publicznego czy przedsiębiorców, którzy korzystali z funduszy unijnych i krajowych, a którzy zmienili lub chcą zmienić rodzaj prowadzonej działalności na opodatkowaną VAT, tj. decydują się na komercyjne wykorzystanie powstałej z dotacji infrastruktury.