Sądy mają nowy kłopot: co jest kosztem przy sprzedaży akcji lub udziałów, gdy po drodze był jeszcze aport i przekształcenie spółki. Co wyrok, to inny wniosek. Gdyby chodziło o zwykły zakup, a następnie sprzedaż akcji lub udziałów, nie byłoby problemu z ustaleniem kosztów. Ale podatnicy chcą po drodze wnosić je do innej spółki, potem tę przekształcać i dopiero na końcu decydować się na sprzedaż (bądź przymusowe umorzenie). Takie transakcje wymykają się spod regulacji o PIT i CIT – ustawodawca ich po prostu nie przewidział.
Świadczymy usługi na rzecz krajowych podmiotów, polegające na usługowej odprawie wyrobów akcyzowych, gdyż nasza spółka jako zarejestrowany odbiorca może dokonywać nabycia wewnątrzwspólnotowego wyrobów akcyzowych na rzecz innych podmiotów. Oprócz wynagrodzenia za nasze usługi (opodatkowanego VAT) kontrahent jednocześnie będzie nam zwracał koszt poniesionego przez nas we własnym imieniu, ale na jego rzecz, podatku akcyzowego oraz opłaty paliwowej. Do rozliczanych kwot nie będziemy doliczać jakiejkolwiek marży. Czy możemy wyłączyć z naszej podstawy opodatkowania VAT koszty ponoszone na rzecz kontrahentów, tj. koszty opłaty paliwowej i akcyzy?
Przy umorzeniu lub zbyciu udziałów objętych na skutek wniesienia aportu, kosztem właściciela takich udziałów jest - co do zasady - ich wartość nominalna. Zasada ta nie dotyczy przypadków, w których aport ten miał formę, neutralnej podatkowo, transakcji wymiany udziałów. W takiej sytuacji, koszty właściciela umarzanych lub zbywanych udziałów są równe rzeczywistym kosztom historycznym, jakie poniósł na ich nabycie (a ściślej rzecz biorąc: na nabycie udziałów, jakie w ramach transakcji wymiany, były wnoszone drogą aportu).