Aby móc potrącić koszty, podatnik musi zgromadzić odpowiednie dowody ich poniesienia. Co do zasady będą to faktury, podpisane umowy cywilnoprawne czy inne dowody księgowe. W przypadku kosztów, których wpływ na przychody jest trudny do wykazania, podatnik powinien mieć przygotowane, oprócz dowodów księgowych, również inne dowody świadczące o związku danego wydatku z przychodem.
Zgodnie z art. 70 § 4 Ordynacji podatkowej [dalej: Op], bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego zostaje przerwany wskutek zastosowania środka egzekucyjnego, o którym podatnik został zawiadomiony. Po przerwaniu biegu terminu przedawnienia biegnie on na nowo od dnia następującego po dniu, w którym zastosowano środek egzekucyjny. W przypadku nadania decyzji nieostatecznej rygoru natychmiastowej wykonalności, przed wszczęciem egzekucji należy doręczyć podatnikowi zarówno tą decyzję, jak i postanowienie o nadaniu jej tego rygoru.
Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.