Opłata roczna jako koszt podatkowy. W większości transakcji dotyczących zbycia prawa użytkowania wieczystego, strony regulują kwestię zwrotu opłaty rocznej zapłaconej przez zbywcę w umowie. Zazwyczaj strony ustalają, iż nabywca zobowiązany będzie do przekazania zbywcy kwoty odpowiadającej części uiszczonej przez zbywcę opłaty za użytkowanie wieczyste, wyliczonej proporcjonalnie i obejmującej okres od dnia, w którym dochodzi do zbycia tego prawa do końca roku, w którym transakcja nastąpiła. Niemniej, mogą zaistnieć sytuacje, w których kwestia ta nie zostanie uregulowana w umowie, lub też umowa wprost wykluczać będzie zwrot kosztów opłaty rocznej w części dotyczącej tej części roku, w której zbywca przestanie być właścicielem prawa do użytkowania wieczystego. W takim przypadku rozważyć należy jak zbywca powinien zakwalifikować pod względem podatkowym wydatki poniesione na zapłatę opłaty rocznej.
Jeśli dotychczasowy użytkownik wieczysty zapłacił z góry wszystkie opłaty roczne za prawo użytkowania wieczystego nieruchomości, które potem odsprzedał, to nabywca i tak musi uiścić opłatę „przekształceniową”. W ocenie Rzecznika Praw Obywatelskich takie osoby powinny mieć prawo do nieodpłatnego przekształcenia, tym bardziej, że przysługuje ono np. spadkobiercy użytkownika wieczystego, który uiścił jednorazowo całą tę opłatę. Według skarżących ustawodawca wprowadził ich w swego rodzaju pułapkę, gdyż liczyli, że również będą zwolnieni z opłat.