Ani ze szczególnych zasad rachunkowości, ani z opisów kont syntetycznych nie wynikają żadne wskazówki, że ewidencja operacji związanych z rozliczeniem VAT przez jednostkę samorządu terytorialnego powinna być prowadzona w ewidencji budżetu, ale należy przyjąć, że rozliczenia gmin, powiatów i województw z urzędami skarbowymi powinny być ujmowane w księgach rachunkowych budżetów tych jednostek.
Z dniem 1 stycznia 2017 r. zaczynają obowiązywać przepisy dotyczące centralizacji rozliczeń VAT w sektorze publicznym. Czy w związku z tym, gmina, która będzie w przyszłym roku dokonywała odliczeń VAT od zakupów związanych wyłącznie z działalnością polegającą na dostawie wody oraz odbioru i oczyszczania ścieków, będzie musiała stosować przepisy o sposobie określenia proporcji (tzw. prewspółczynnika) w odniesieniu do tych zakupów, czy też przepisy te nie będą miały zastosowania, bo zakupy te nie będą wykorzystywane do działalności innej niż działalność gospodarcza gminy?
Nowe regulacje, które wejdą w życie 1 stycznia 2017 r., dają możliwość stosowania zwrotu utraconych przez gminy dochodów, w związku ze stosowaniem zwolnień z podatku od nieruchomości dla znajdujących się w parkach narodowych lub rezerwatach przyrody i służących bezpośrednio i wyłącznie osiąganiu celów z zakresu ochrony przyrody: gruntów położonych na obszarach objętych ochroną ścisłą, czynną lub krajobrazową, a także budynków i budowli trwale związanych z gruntem.
Wśród największych problemów związanych z podatkiem od nieruchomości podatnicy wymieniają: niejasne przepisy, brak jednolitego wzoru deklaracji podatku od nieruchomości DN-1, podwójną rolę gmin, różne interpretacje przepisów w różnych gminach, opodatkowanie niezależnie od użytkowania. Na szczególne problemy napotykają podatnicy, którzy mają infrastrukturę w kilku gminach, np. firmy telekomunikacyjne, przesyłowe czy paliwowe, sieci sklepów.