Jeżeli zachodzi uzasadnione podejrzenie popełnienia przestępstwa, wydaje się z urzędu lub na skutek zawiadomienia o przestępstwie postanowienie o wszczęciu śledztwa, w którym określa się czyn będący przedmiotem postępowania oraz jego kwalifikację prawną. Śledztwo obligatoryjnie prowadzi się w sprawach:
- w których rozpoznanie w pierwszej instancji należy do właściwości sądu okręgowego,
- o występki - gdy osobą podejrzaną jest sędzia, prokurator, funkcjonariusz Policji, Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, Agencji Wywiadu, Służby Kontrwywiadu Wojskowego, Służby Wywiadu Wojskowego, Służby Celnej lub Centralnego Biura Antykorupcyjnego,
- o występki - gdy osobą podejrzaną jest funkcjonariusz Straży Granicznej, Żandarmerii Wojskowej, finansowego organu postępowania przygotowawczego lub organu nadrzędnego nad finansowym organem postępowania przygotowawczego, w zakresie spraw należących do właściwości tych organów lub o występki popełnione przez tych funkcjonariuszy w związku z wykonywaniem czynności służbowych,
- o występki, w których nie prowadzi się dochodzenia,
- o występki, w których prowadzi się dochodzenie, jeżeli prokurator tak postanowi ze względu na wagę lub zawiłość sprawy.
Zobacz: Instytucja świadka incognito w procesie karnym
Śledztwo prowadzi prokurator. Prokurator może powierzyć Policji przeprowadzenie śledztwa w całości lub w określonym zakresie albo dokonanie poszczególnych czynności śledztwa – przy czym powierzenie czynności policji nie może obejmować czynności związanych z przedstawieniem zarzutów, zmianą lub uzupełnieniem postanowienia o przedstawieniu zarzutów oraz zamknięciem śledztwa.
Przebieg śledztwa można podzielić na dwa etapy – śledztwo w sprawie (in rem) i śledztwo przeciwko osobie (in personam). Jeżeli dane istniejące w chwili wszczęcia śledztwa lub zebrane w jego toku uzasadniają dostatecznie podejrzenie, że czyn popełniła określona osoba, sporządza się postanowienie o przedstawieniu zarzutów, ogłasza je niezwłocznie podejrzanemu i przesłuchuje się go, chyba że ogłoszenie postanowienia lub przesłuchanie podejrzanego nie jest możliwe z powodu jego ukrywania się lub nieobecności w kraju.
Z chwilą postawienia zarzutów podejrzanemu przysługują wszelkie uprawnienia strony. W szczególności może on domagać się przedstawienia uzasadnienia postanowienia o postawieniu zarzutów. Podejrzany może również korzystać z pomocy obrońcy. Może również zgłaszać wnioski o dokonanie czynności śledztwa.
Śledztwo powinno być ukończone w ciągu 3 miesięcy. W uzasadnionych wypadkach okres śledztwa może być przedłużony na dalszy czas oznaczony przez prokuratora nadzorującego śledztwo lub prokuratora bezpośrednio przełożonego wobec prokuratora, który prowadzi śledztwo, nie dłuższy jednak niż rok. W szczególnie uzasadnionych wypadkach właściwy prokurator nadrzędny nad prokuratorem nadzorującym lub prowadzącym śledztwo może przedłużyć jego okres na dalszy czas oznaczony.
Zobacz: Materiały z podsłuchu podstawą ścigania
Ostatnią czynnością śledztwa jest końcowe zaznajomienie z materiałami postępowania. Czynność tą przeprowadza się jednak tylko na wniosek podejrzanego lub jego obrońcy. Przed dokonaniem tej czynności podejrzanemu przysługuje prawo przejrzenia akt. Termin zaznajomienia podejrzanego z materiałami postępowania powinien być tak wyznaczony, aby od doręczenia zawiadomienia o nim podejrzanemu i jego obrońcy upłynęło co najmniej 7 dni. W czynnościach zaznajomienia podejrzanego z materiałami postępowania ma prawo uczestniczyć obrońca. W terminie 3 dni od daty zaznajomienia podejrzanego z materiałami postępowania strony mogą składać wnioski o uzupełnienie śledztwa.
Jeżeli postępowanie nie dostarczyło podstaw do wniesienia aktu oskarżenia, umarza się śledztwo bez konieczności uprzedniego zaznajomienia z materiałami postępowania i jego zamknięcia. W innym wypadku, w terminie 14 dni od zamknięcia śledztwa prokurator sporządza akt oskarżenia i przesyła go do właściwego sądu.