Opinia wydana przez biegłych może być kluczowym dowodem w sprawie. Jednak sama opinia biegłych podlega takiej samej ocenie sądu jak każdy inny dowód przeprowadzony w sprawie. Jeżeli sąd oceni, że opinia jest niepełna lub niejasna albo gdy zachodzi sprzeczność w samej opinii lub między różnymi opiniami w tej samej sprawie, wezwie ponownie tych samych biegłych celem dodatkowego wypowiedzenia się. Sąd może również w takim wypadku powołać innych biegłych do wydania nowej opinii.
Zobacz: Co to jest przypozwanie?
Moc przekonująca opinii biegłych uzależniona jest od argumentów, które pozwalają organom procesowym przyjąć opinię jako zasadną. Nie wystarcza więc, żeby biegli przedstawili swoją ostateczną konkluzję, lecz powinni oni również wskazać drogę, która doprowadziła ich do odpowiedzi na postawione pytania. W szczególności opinia powinna zawierać opis metod i sposobu przeprowadzenia badań, określenie porządku, w jakim je przeprowadzono oraz przytaczać wszystkie argumenty oparte na specjalistycznej wiedzy (wyrok Sądu Najwyższego - Izba Karna
z dnia 28 czerwca 2001 r. II KKN 412/98).
Sprzeczność w samej opinii (sprzeczność wewnętrzna) występuje wtedy, gdy jej wnioski końcowe wzajemnie się wykluczają lub gdy wnioski te nie wynikają z badań przedstawionych w opinii. Nie zawsze dopuszczenie dowodu z opinii innego biegłego pozwala na rozwianie wątpliwości. Sprzeczności mogą bowiem wystąpić również między opiniami różnych biegłych.
Na sprzeczność lub niepełność opinii biegłego uwagę sądu mogą zwracać również strony. Strona przedstawiająca wniosek o wezwanie eksperta w celu jego przesłuchania powinna wykazać, w jakim zakresie złożona na piśmie opinia jest niepełna lub niejasna czy wewnętrznie sprzeczna albo na czym polega jej sprzeczność z inną opinią wydaną w tej sprawie, a więc uprawdopodobnić zaistnienie sytuacji wskazanych w art. 201. Samo ogólne stwierdzenie, że wnioskodawca chce uzyskać informacje odnośnie do określonych okoliczności, o których mowa w opinii, nie spełnia wymogów uwzględnienia takiego wniosku i wezwania biegłego lub biegłych na rozprawę (post. SN z 7 lipca 2006 r. - III KK 456/05).
Zobacz: Zwrot kosztów procesu
W przypadku dopuszczenia w danej sprawie kilku opinii biegłych, które są wzajemnie sprzeczne Sąd w uzasadnieniu orzeczenia musi wskazać, na której opinii oparł swoje rozstrzygnięcie i dlaczego nie podzielił wniosków wyrażonych w innych opiniach. Ocena opinii biegłego dokonana przez Sąd winna skupić się na trzech zasadniczych aspektach:
1) czy biegły dysponuje wiadomościami specjalnymi niezbędnymi do stwierdzenia okoliczności mających istotny wpływ na rozstrzygnięcie sprawy;
2) czy opinia biegłego jest logiczna, zgodna z doświadczeniem życiowym i wskazaniami wiedzy;
3) czy opinia ta jest pełna i jasna i nie zachodzi nie wyjaśniona sprzeczność pomiędzy nią a inną opinią ujawnioną w toku przewodu sądowego
Sam fakt zaistnienia różnicy między opiniami nie obliguje sądu orzekającego do powoływania innych biegłych, ponieważ w ramach swobodnej oceny dowodów może on przyjąć tę, która odpowiada wymaganiom, i na jej podstawie stwierdzić okoliczności mające istotne znaczenie oraz wpływ na rozstrzygnięcie sprawy.
Zobacz: Kodeks postępowania karnego
Sprzeczność między opiniami daje podstawę do stosowania art. 201 kpk wtedy jedynie, gdy z powodu jej zaistnienia nie można uznać kwestii wymagającej wiedzy specjalistycznej za rozstrzygniętą, a więc gdy żadnej z tych opinii nie można uznać za przekonującą i odpowiadającą wymaganiom procesowym. Sam fakt zaistnienia różnicy między opiniami nie obliguje sądu orzekającego do powoływania innych biegłych, ponieważ w ramach swobodnej oceny dowodów może on przyjąć tę, która odpowiada wymaganiom i na jej podstawie stwierdzić okoliczności mające istotne znaczenie oraz wpływ na rozstrzygnięcie sprawy.