Wyrok NSA zapadł w poszerzonym składzie siedmiu sędziów i dotyczy dość częstych sytuacji, gdy Trybunał Konstytucyjny orzeka, że dany przepis jest sprzeczny z konstytucją, ale jednocześnie odracza moment utraty jego mocy. Odroczenie nie może przekraczać osiemnastu miesięcy, gdy chodzi o ustawę, a dwunastu miesięcy, gdy chodzi o inny akt prawny, np. rozporządzenie (art. 190 ust. 3 Konstytucji).
W takiej sytuacji powstaje problem, jak niekonstytucyjny przepis mają traktować sądy orzekające w sprawach, w których ten przepis ma zastosowanie - czy mają go pomijać, czy orzekać tak, jakby nadal obowiązywał.
Taka sytuacja stała się przyczyną wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego 25 czerwca br. Chodziło o spółkę, która w 2007 r. spytała urząd skarbowy, czy może zmniejszyć obrót i należny podatek od towarów i usług, nawet jeśli nie ma potwierdzenia od kontrahenta, że otrzymał on od niej korektę faktury VAT. Spółka była zdania, że ma do tego prawo, ponieważ posiada fakturę korygującą. Jej zdaniem obowiązujący wówczas par. 16 ust. 4 rozporządzenia z 25 maja 2005 r., wymagający potwierdzenia odbioru faktury korygującej, był już wówczas sprzeczny z konstytucją, mimo że nie było jeszcze wyroku Trybunału Konstytucyjnego w tej sprawie.
Urząd skarbowy nie zgodził się ze spółką. W uzasadnieniu podkreślił, że przepis rozporządzenia, który nakładał obowiązek posiadania potwierdzenia odbioru faktury korygującej, został zapisany w rozporządzeniu, które - zgodnie z konstytucją - należy do aktów prawa powszechnie obowiązującego. Urząd dodał, że nie do niego należy ocena konstytucyjności tego przepisu. Spółka odwołała się do izby skarbowej, ale ta podtrzymała argumentację urzędu.
Sprawa trafiła do WSA w Warszawie. Ten w 2008 r. zgodził się ze spółką - uznał, że warunek posiadania potwierdzenia odbioru faktury korygującej powinien być wprowadzony przez ustawę, a nie rozporządzenie.
WSA powołał się na wyrok Trybunału Konstytucyjnego, który zapadł w czasie, gdy spółka czekała na rozpatrzenie jej sprawy w sądzie. W wyroku z 11 grudnia 2007 r. (sygn. U 6/06) TK uznał, że kwestionowany przez spółkę przepis rozporządzenia jest niekonstytucyjny. Zarazem jednak orzekł, że przepis ten straci moc obowiązującą dopiero po upływie 12 miesięcy od ogłoszenia wyroku TK w Dzienniku Ustaw.
Izba skarbowa zaskarżyła wyrok WSA. W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego podkreśliła - powołując się na orzecznictwo TK - że nawet jeśli Trybunał orzekł o niekonstytucyjności przepisu, przepis ten wiąże wymiar sprawiedliwości dopóty, dopóki nie straci on mocy. NSA nie rozstrzygnął jednak sporu. W marcu 2010 r. uznał, że w sprawie wystąpiło zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości i skierował pytanie do składu siedmiu sędziów. NSA zwracał uwagę na to, że z orzecznictwa TK oraz innych wyroków NSA wynikają dwie możliwe interpretacje. Jedna mówi, że sąd nie ma prawa pomijać przepisu rozporządzenia, jako ciągle obecnego w porządku prawnym w momencie wydawania wyroku. Według drugiej interpretacji - sąd może taki przepis pominąć.
NSA po przyjęciu sprawy do rozpoznania zdecydował się nie wydawać uchwały, tylko wyrok w poszerzonym siedmioosobowym składzie. 25 czerwca 2012 r. sąd orzekł, że jego zdaniem niekonstytucyjne przepisy, które obowiązują w chwili wydawania wyroku, wiążą sądy administracyjne (sygn. II FPS 4/12). Według NSA jest to prostą konsekwencją tego, że orzecznictwo sądów administracyjnych nie jest wiążącym źródłem prawa. Sąd niższej instancji nie miał w związku z tym prawa nakazać organom podatkowym, by nie uwzględniały niekonstytucyjnych przepisów w trakcie postępowania podatkowego - podsumował NSA.
Z tego powodu uchylił wyrok WSA i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia. Wyrok jest prawomocny.