W sprawie, którą rozpatrywała katowicka Izba, gmina była podatnikiem VAT, co zasadniczo dawało jej prawo do odliczenia podatku zawartego w cenie kupowanych towarów i usług. Problem polega na tym, że ustawa o VAT pozwala go odliczać tylko wtedy, gdy towary i usługi są następnie wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych tym podatkiem.
Za pieniądze z Unii Europejskiej gmina realizowała projekt ochrony siedliska (kolonii rozrodczej) nietoperzy. Kolonia znajdowała się na strychu lokalnego gimnazjum. Gmina zamierzała m.in. utworzyć obserwatorium na strychu oraz zmodernizować i wyposażyć salę medialną na parterze gimnazjum. Planowała też kampanię promocyjno-edukacyjną na temat ochrony nietoperzy. Po wykonaniu wszystkich tych prac, chciała przekazać inwestycję gimnazjum.
Po to jednak, żeby zrealizować projekt, gmina musiała kupować od dostawców zewnętrznych potrzebne towary i usługi, np. materiały budowlane, usługi wykonawców budowlanych. Na fakturach była podana kwota VAT. Gmina nie była pewna, czy może odliczyć go od podatku, który sama odprowadzała do urzędu skarbowego wykonując działalność opodatkowaną - przykładem działalności opodatkowanej jest najem lokali użytkowych.
To niemożliwe - wynika z interpretacji Izby Skarbowej w Katowicach z 13 października 2011 r. (nr IBPP4/443-1347/11/KG). "Projekt nie jest związany z wykonywaniem czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług przez gminę" - stwierdziła katowicka Izba. Podkreśliła, że skoro zakupy nie są związane czynnościami opodatkowanymi, to gmina nie może obniżyć podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w związku z realizacją projektu.
Sprawa, którą zajmowała się katowicka IS to jeden z przykładów licznych problemów, jakie powiaty i gminy mają z powodu braku prawa do odliczania podatku zawartego w cenie kupowanych towarów i usług. Gdyby gminy i powiaty korzystały z zerowej stawki VAT, wówczas mogłyby odzyskać podatek, jak robią to pozostali podatnicy wykonujący czynności opodatkowane 0 proc., 5 proc., 8 proc. lub 23 proc. VAT.
Polska stawka 0 proc. to odpowiednik unijnego "zwolnienia z prawem do odliczenia podatku naliczonego". Samorządy nie mają jednak co liczyć na zmianę przepisów w tym zakresie. "Takie rozwiązanie byłoby niezgodne z prawem unijnym" - poinformowała wiceminister finansów Hanna Maszczyk w odpowiedzi na poselską interpelację nr 24245.