Rzecznik Praw Obywatelskich zaskarżył do Trybunału Konstytucyjnego art. 10 ust. 3 oraz art. 74 ust. 2 i 3 ustawy z 21 lipca 2006 r. o nadzorze nad rynkiem finansowym. Przepisy te spowodowały pozostawienie części pracowników KNF poza korpusem służby cywilnej.
Z dniem wejścia w życie ustawy o KNF zlikwidowane zostały urzędy Komisji Papierów Wartościowych i Giełd oraz Komisji Nadzoru Ubezpieczeń i Funduszy Emerytalnych. Ponadto 31 grudnia 2007 r. zlikwidowano Komisję Nadzoru Bankowego i Generalny Inspektorat Nadzoru Bankowego. W efekcie pracownicy tych urzędów, którzy w większości należeli do służby cywilnej, przeszli do KNF i utracili swój status.
Zdaniem Rzecznika Praw Obywatelskich, KNF ma cechy centralnego organu administracji rządowej. Oznacza to, że kwestionowane przepisy pozostają w sprzeczności z konstytucyjną zasadą działania służby cywilnej w urzędach administracji rządowej.
TK wskazał, że w urzędach administracji rządowej działa korpus służby cywilnej. Wobec tego główny problem konstytucyjny w tej sprawie związany jest z ustaleniem charakteru prawnego Komisji Nadzoru Finansowego jako organu, który wykonuje swoje zadania przy pomocy Urzędu KNF.
Zdaniem TK, o zaliczeniu określonego organu do administracji rządowej decyduje, w świetle konstytucji, poddanie tego organu kierownictwu oraz koordynacji i kontroli Rady Ministrów.
TK po przeanalizowaniu przepisów i kompetencji przysługujących Prezesowi RM wobec KNF dostrzegł, że Prezes RM nie ma możliwości podjęcia decyzji o odwołaniu przewodniczącego KNF, poza wyraźnie przewidzianymi w ustawie przypadkami niezwiązanymi z negatywną oceną działalności przewodniczącego Komisji.
W uzasadnieniu sędzia TK Stanisław Biernat powiedział, że o zaliczeniu danego organu do administracji rządowej decyduje w świetle Konstytucji to, czy można powiedzieć, że ten organ jest poddany kierownictwu czy kontroli Rady Ministrów. "Ustawa o nadzorze nad rynkami finansowymi nie określa charakteru prawnego Komisji Nadzoru Finansowego. Organ ten nie jest wymieniony ani w ustawie o Radzie Ministrów, ani w ustawie o działach, jako dany organ administracji rządowej" - powiedział Biernat.
TK uznał, że w świetle regulacji ustawowych KNF jest "szczególnym organem administracji państwowej o dużym stopniu niezależności, usytuowanym poza strukturą administracji rządowej". Członkowie KNF wywodzą się bowiem z różnych segmentów władzy wykonawczej: Rada Ministrów, Prezydent, NBP. Oznacza to, że Urząd KNF nie może być zaliczony do urzędów administracji rządowej.