Równoczesne podejmowanie i prowadzenie więcej niż jednej kontroli działalności przedsiębiorcy jest niedopuszczalne. Taka zasada wynika z art. 82 ustawy z 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (zwana dalej ustawą). W związku z tym, jeżeli działalność gospodarcza przedsiębiorcy jest już objęta kontrolą innego organu, organ kontroli odstąpi od podjęcia czynności kontrolnych oraz może ustalić z przedsiębiorcą inny termin przeprowadzenia kontroli (art. 82 ust. 2 ustawy). Jeżeli przedsiębiorca inny niż mikro- czy mały wykonuje działalność gospodarczą w więcej niż jednym zakładzie lub wyodrębnionej części swojego przedsiębiorstwa, to w takiej sytuacji zasada zakazu jednoczesności kontroli odnosi się do zakładu lub części przedsiębiorstwa. Należy zwrócić uwagę, że wprowadzony zakaz dotyczy równoczesnego prowadzenia wobec przedsiębiorcy więcej niż jednej kontroli, nie zaś więcej niż jednego postępowania (kontrolnego). Konieczność rozróżnienia tych dwóch pojęć wynika np. z art. 13 ust. 3 ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej, zgodnie z którym organ kontroli skarbowej może w ramach prowadzonego postępowania kontrolnego przeprowadzić kontrolę podatkową (wyrok WSA we Wrocławiu z 2 czerwca 2009 r. I SA/Wr 176/09).
Wyjątkowo zakaz równoczesnej kontroli nie dotyczy sytuacji, gdy:
● ratyfikowane umowy międzynarodowe stanowią inaczej,
● przeprowadzenie kontroli jest niezbędne w celu przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia, przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego, lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia,
● kontrola jest prowadzona w toku postępowania prowadzonego na podstawie przepisów ustawy z 16 lutego 2007 r. o ochronie konkurencji i konsumentów,
● przeprowadzenie kontroli jest uzasadnione bezpośrednim zagrożeniem życia, zdrowia lub środowiska naturalnego,
● kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług przed dokonaniem tego zwrotu,
● przeprowadzenie kontroli jest realizacją obowiązków wynikających z przepisów prawa wspólnotowego o ochronie konkurencji lub przepisów prawa wspólnotowego w zakresie ochrony interesów finansowych Wspólnoty Europejskiej,
● kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług na podstawie przepisów o zwrocie osobom fizycznym niektórych wydatków związanych z budownictwem mieszkaniowym (art. 82 ust. 1 ustawy).
Ponadto dopuszczalne jest równoczesne przeprowadzenie czynności kontrolnych niezbędnych do zakończenia innej kontroli u tego przedsiębiorcy (art. 82 ust. 1b ustawy).