Jedną z kwestii, które budzą kontrowersje, jest to, czy zarówno w przypadku kontroli skarbowej jak i kontroli podatkowej wyłączone jest prawo do korekty rozliczeń z tytułu vat .
Przypomnijmy, że Ordynacja podatkowa wyraźnie wskazuje, że prawa do skorygowania deklaracji nie stosuje się w przypadku VAT - a zatem, jeśli podatnik jest kontrolowany przez urząd skarbowy, nie może liczyć na korektę swoich rozliczeń w tym podatku, a tym samym na skrócenie czasu, za który naliczane są odsetki, a przede wszystkim - na uniknięcie sankcji VAT oraz odpowiedzialności karnej skarbowej.
Za przyjęciem odmiennego rozwiązania w zakresie kontroli skarbowej przemawia fakt, że przepisy ustawy o k.s. wprowadzające prawo do korekty nie zawierają jakiegokolwiek ograniczenia przedmiotowego i stanowią autonomiczną regulację. Różnica w trybie korekty przewidzianej przez ustawę o k.s. i przez Ordynację podatkową znajduje również swoje odzwierciedlenie w przepisach karnych skarbowych, w których mowa jest o prawnie skutecznej korekcie, w rozumieniu przepisów Ordynacji podatkowej lub ustawy o k.s.
Natomiast za uznaniem, że w przypadku kontroli skarbowej wykluczona jest możliwość korekty w zakresie VAT, tak samo jak w przypadku kontroli dokonywanej przez urząd skarbowy, przemawia przede wszystkim to, że przepisy ustawy o k.s. zawierają kompleksowe odesłanie do przepisów Ordynacji podatkowej. Można by zatem uznać, że dodatkowe odesłanie w zakresie uprawnienia do korekty doprecyzowuje jedynie, o jaką korektę chodzi, a nie wyłączą wspomnianego wyżej szerokiego odesłania, pozwalającego uniknąć przepisywania całej Ordynacji podatkowej do ustawy o k.s. Kolejnym ważkim argumentem za zrównaniem sytuacji podatników kontrolowanych przez organy podatkowe i organy skarbowe jest to, że ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 54, poz. 535 z późn. zm.) przewiduje możliwość uniknięcia sankcji VAT wyłącznie w przypadku dokonania korekty przed dniem wszczęcia kontroli przez naczelnika urzędu skarbowego lub organ kontroli.
Uważam, że zasadny jest pierwszy z wymienionych poglądów, choć mogą pojawić się głosy, że w imię zacierania różnic w sytuacji podatnika w zależności od tego, jaki organ go kontroluje, należy się opowiedzieć za drugim stanowiskiem, czyli brakiem możliwości korekty rozliczeń z tytułu VAT również po kontroli urzędów kontroli skarbowej. Wydaje się jednak, że nie da się przyjąć tego poglądu w oparciu o wykładnię celowościową z prostego powodu, a mianowicie trudno w ogóle zgodzić się z celowościowym uzasadnieniem braku możliwości korekty w zakresie VAT. Jedyny sens ograniczenia prawa do dokonania korekty w zakresie VAT to niechęć budżetu państwa do pozbawienia się wpływów z tytułu dodatkowego zobowiązania podatkowego (sankcja VAT). Zakaz ten nie wspiera w systemie prawnym żadnych dodatkowych wartości, nie pomaga podatnikowi realizować jego obowiązku samoobliczenia podatku i... nie powinno go być. Dlatego tam, gdzie nie występuje on w sposób wyraźny, należy bardzo wnikliwie analizować przepisy, aby nie wpaść w pułapkę analogii prowadzącej do absurdu. Co więcej, właściwa byłaby zmiana przepisów odzwierciedlająca słuszną skądinąd zasadę, żeby nie różnicować sytuacji podatników w zależności od tego, jaki organ ich kontroluje, z tym że nie powinno się praw podatników "równać w dół".
